Die Fliegende Gruppe ist das Kernelement der operativen Auftragsdurchführung des Geschwaders. Hier wird der fliegerische Einsatz geleitet, geplant, organisiert und überwacht. Den Schwerpunkt bildet im Frieden die Steuerung der gesamten Aus- und Weiterbildung der Luftfahrzeugbesatzungen, der dazugehörigen Stabsbereiche und aller unterstützender Stellen des Verbandes. Dafür stehen in der Gruppe verschiedene Schulungsmöglichkeiten, ein Flug- und Taktiksimulator sowie eine Vielzahl notwendiger weiterer Unterstützungs- und Verwaltungseinrichtungen zur Verfügung.
Im Einsatz ist die Sicherstellung der Auftragserfüllung mit Flugeinsätzen (Missions) die Hauptaufgabe des Geschwaders. Mit dem Waffensystem ECR-TORNADO (Electronic Combat and Reconnaissance - Elektronischer Kampf und Aufklärung) wird der fliegerische Einsatz aus den beiden Jagdbomberstaffeln in zeitlich abgestimmten Perioden durchgeführt. Den Kern der Fliegerei bildet ein vorgegebenes Jahresausbildungsprogramm, in dem schwerpunktmäßig das Üben taktischer Einsatzverfahren bei Tag und Nacht unter Nutzung verschiedenster Systeme gefordert wird. Die Teilnahme an internationalen Luftkriegsübungen sind ebenso Bestandteil der intensiven Schulung der fliegenden Besatzungen wie die theoretische Unterrichtserfüllung oder periodische Simulatorausbildung. Das Erreichen eines hohen professionellen Ausbildungsstandes vor dem Hintergrund eines jederzeit möglichen Krisenreaktionseinsatzes ist politische Notwendigkeit sowie moralische Verpflichtung der Gruppe.
Die Fliegende Gruppe wird durch den Kommandeur mit seinem Vertreter und einem Stab geführt. Sie umfasst weiterhin die beiden Jagdbomberstaffeln, die Flugbetriebsstaffel mit Feuerwehr und die GeoInfo Beratungsstelle.
Oberstlt Werner Klußmann 01.08.1961 bis 30.09.1965
Oberstlt Kurt Stöcker 01.10.1965 bis 28.02.1967
Major Bruno v. Mendgen 01.03.1967 bis 30.09.1968
Major Erwin Willing 01.10.1968 bis 31.03.1971
Oberstlt Walter Schmitz 01.04.1971 bis 10.09.1972
Oberstlt Eberhard Schmidt 01.10.1972 bis 16.09.1974
Oberstlt Hans-Joachim Ewe 17.09.1974 bis 31.03.1977
Oberstlt Jürgen Stehli 01.04.1977 bis 30.09.1978
Oberstlt Joachim Hoppe 01.10.1978 bis 31.03.1981
Oberstlt Werner Sadrina 01.04.1981 bis 30.09.1983
Oberstlt Bernd Bretschneider 01.10.1983 bis 28.07 1986
Oberstlt Andris Freutel 29.07.1986 bis 28.09 1988
Oberstlt Gerd Ruge 29.09.1988 bis 21.12.1989
Oberstlt Eike Krüger 22.12.1989 bis 26.03 1991
Oberstlt Hans-Georg Schmidt 27.03.1991 bis 26.03 1993
Oberstlt Knut Rütze 27.03.1993 bis 14.10.1994
Oberstlt Peter-Georg Stütz 15.10.1994 bis 22.09.1995
Oberstlt Hans Berlin 23.09.1995 bis 13.03.1998
Oberstlt Michael Ebersbach 14.03.1998 bis 29.01.1999
Oberstlt Josef Baur 30.01.1999 bis 29.11.2001
Oberstlt Hans-Joachim Weber 30.11.2001 bis 04.03.2004
Oberstlt Wilhelm May 05.03.2004 bis 14.02.2005
Oberstlt Lutz Mühlhöfer 15.02.2005 bis 28.09.2006
Oberstlt Oliver Eckstein 29.09.2006 bis 01.10.2009
Oberstlt Jürgen Akkermann 02.10.2009 bis 29.09.2011
Oberstlt Thomas Früh 30.09.2011 bis 31.03.2013
Die Namen der Kommandeure der Fliegenden Gruppe stehen nicht nur für einen Zeitraum in der Geschichte der Fliegenden Gruppe sondern auch stellvertretend für alle Angehörigen der Fliegenden Gruppe in dieser Zeit.